环境遥感技术工程实验室建成后，由淮阴工学院管理，实行实验室主任负责制。负责审批实验室发展规划及重大事项的决策。环境遥感工程实验室的日常运行费用由淮阴工学院承担，并在以下方面采取如下措施：
        健全管理制度：环境遥感技术工程实验室在仪器设备使用、数据资料管理、成果的应用和推广、学风建设和科学道德建设等方面加强管理。将制定一系列健全的管理制度，以利于环境遥感技术工程实验室的自我发展和良性循环机制的形成。

加强知识产权保护：环境遥感技术工程实验室完成的专著、论文、软件、研究成果等均署环境遥感技术工程实验室名称，专利申请、技术转让成果、申报奖励按国家有关规定办理。

科学研究数据资料管理：环境遥感技术工程实验室科研数据资料管理条例，规范科研数据的管理工作，实现规范化管理。